首先，分居满两年不会自动离婚。只有经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，法院才应当准予离婚。
其次，法院判决离婚的依据是“夫妻双方感情破裂”。“分居满两年”是法院判断夫妻感情已经破裂的一个依据。。
最后，附上法条：
《民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
